Es
std::system("clear");
o
system("clear");
La soluzione l'ho trovata su launchpad di ubuntu (link a launchpad).
Pare che dalla versione 10 ci sia un baco risolvibile con il seguente comando e un successivo riavvio
echo "export TERM=xterm" | sudo tee /etc/profile.
(ricordarsi di riavviare)